L'Hymne des Etudiants, rebaptisé plus tard Le Semeur, naît en 1890, à une époque où l'Université connaît des tensions considérables entre son aile progressiste et son aile conservatrice.
Le Bruxelles Universitaire du 25 janvier 1946 revient sur deux épisodes tumultueux de l'histoire de l'ULB : l'affaire Dwelshauwers (du nom d'un jeune docteur en Philosophie dont la thèse aux accents positivistes choque le professeur Tiberghien, un rationaliste chrétien) et l'affaire Reclus (du nom du célèbre géographe libertaire).
Au plus fort de la crise, l'affaire Reclus voit 302 étudiants sur 1316 inscrits se solidariser avec le géographe face aux autorités académiques qui l'écartent de l'université en raison de ses opinions politiques.
Ce conflit - plus lourd de conséquences que l'affaire Dwelshauwers - débouche en 1894 sur la création de l'Université Nouvelle (dont les chaires seront occupées par des professeurs très progressistes). Celle-ci s'installe rue des Minimes, dans l'ancienne maison de Verhaegen (qui accueille aujourd'hui par le Musée juif de Belgique). Elle existe jusqu'à la fin de la guerre 1914-1918 ; elle fusionne alors avec l'ULB.
La Digithèque de l'ULB a consacré un article plus développé à cette période de tensions, dont l'ULB sortira en adoptant officiellement le principe du libre examen comme article premier de ses statuts le 10 juillet 1894.